Laboratório Max Feffer de Genética de Plantas

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Links - Bioinformática

Nesta sessão procuramos descrever os principais links para os bancos de dados e ferramentas de análises de sequencias, estruturas e dados evolutivos.


Alinhamentos 3D
CE Home Page- Ferramentas e bancos de dados para comparações e alinhamentos de estruturas 3D.
Dali (EMBL) - Servidor para comparação de estruturas 3D.
Dali - Pair structure alignment - Alinhamento de 2 estruturas 3D.
HOMSTRAD - Procura de homologia através de alinhamentos tridimensionais.
Vast Search - Servidor de alinhamentos estruturais do NCBI. Cheque o resultado da submissão aqui.

Aprender
Algorithms in Molecular Biology - Algorítmos de bioinformática (School of Mathematical Sciences - Israel)
Biocomputing Course Resource List Course Syllabi - Lições e
tutoriais em bioinformática.
Bioinformatic.org - Projetos de bioinformática.
Bioinformatic tutorials - Tutoriais de bioinformática.
Bioperl - Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática, utilizando PERL.
BioJava
- Desenvolvimento de ferramentas de bioinformática, utilizando JAVA.
Introduction to Bioinformatics - Introdução a bioinformática (Weizmann
Institute of Science Genome and Bioinformatics
).
ISCB - Sociedade Internacional para Biologia Computacional
LNCC/MCT - Curso de especialização (Latu senso) em Bioinformática.
(Laboratório Nacional de Computação Científica / Ministério da Ciência e Tecnologia)
Online Courses and Tutorials - Diversos tópicos e tutoriais sobre bioinformática.
Docking & Dynamics
AMBER - Software de simulações moleculares.
DOCK WWW PAGE - Software para docking molecular (Linux/Unix).
FlexX - Software para docking molecular.
FTDock - Software para docking molecular.
GRAMM - Software para docking molecular.
Links - Lista com alguns sites relacionados.
Xplor - Software para dinâmicas moleculares.
X-SITE - Software para docking molecular.


Expasy - Diversas ferramentas para bioinformática

ExPASy - Página inicial.
ExPASy - PROSITE - Detecção de famílias e domínios de proteínas.
ExPASy - PROSITE search by description - Procura por famílias e domínios de proteínas através de palavras-chave.
ExPASy - ProtParam tool - Parâmetros físico-químico - Estimativas de parâmetros físico-químicos de proteínas a partir de uma sequência.


Genamics
Genamics - Página inicial.
Genamics SoftwareSeek - Procura por softwares neste site.


Modelagem Molecular

Life Science - Molecular Modeling and Simulation - Notícias e softwares de Bioinformática.
Modeller - Software para modelagem molecular baseada em homologia (Linux/Unix).
Molecular Monte Carlo Software - Softwares de simulação (Linux/Unix).
Molecular software links - Links para softwares utilizados em modelagem molecular.
O for linux - Software para visualização e manipulação de estruturas 3D (Unix/Linux).
Swiss-model - Servidor de modelagem molecular baseada em homologia.
Validation for Protein Structures - Servidor de análises de estruturas 3D.
Verify 3D - Servidor de análise de estruturas 3D.
What if server - Servidor de análise de estruturas 3D.
WHAT IF V4.99 - Servidor de análise de estruturas 3D.
WHAT IF Web Interface - Servidor de análise de estruturas 3D.


NCBI
(National Center for Biotechnology Information) - Diversas ferramentas para bioinformática.
NCBI - Diversas ferramentas de bioinformática.
NCBI - BLAST - Ferramenta de procura local de homologia (Basic Local Alignment Search Tool).
NCBI - CAGP - Dados comparativos de expressão em células normais e cancerosas (Cancer Genome Anatomy Project).
NCBI - CD-Search - Procura de domínios conservados a partir de uma sequência de aminoácidos.
NCBI - Entrez-Structure (Search structure by sequence) - Procura de estruturas 3D a partir de uma sequência homóloga.
NCBI - Genes and diseases - Associações entre doenças e genes, indicando o locus.
NCBI - Gene Expression Omnibus Home - Saiba mais sobre a expressão de seu gene de interesse.
NCBI - SAGEmap xProfiler - Comparações utilizando dados obtidos por SAGE.
NCBI - UniGene - Digital Differential Display,
NCBI VAST Home Page - Alinhamento de estruturas 3D.

Outros

Biolinks
- Diversos links relacionados com bioinformática e biologia molecular.
CATH - Classificação estrutural de proteínas através de hierarquia (Class, Architecture, Topology and Homologous superfamily).
FSSP - Classificação de enovelamentos baseado em alinhamentos estruturais de proteínas (Fold classification based on Structure-Structure alignment of Proteins).
KEGG - Mapas de vias metabólicas e diversos outros recursos de bioinformática.
MEROPS - Banco de dados de proteases.
Molecular Biologist Toolkit - Ensino de bioinformática (University of Washington).
Multialin - Servidor de multialinhamento de sequências.
http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_multalin.html - Servidor de multialinhamento de sequências (site original acima).
Multialign with Clustalw - Servidor de multialinhamentos de sequências usando o software ClustalW no EBI (European Bioinformatic Institute).
PDB MultiGif - Servidor para a criação de gifs animados a partir de arquivos .pdb.
Protein Data Bank (RCSB) - Banco de dados de estruturas moleculares em 3D (página inicial).
Protein Data Bank - Search - Banco de dados de estruturas moleculares em 3D (página de procura).
Protein Structure Classification - Classificação estrutural de proteínas.
PSORT - Predição da localização celular de proteínas, baseado na sequência e organismo de origem.
SAL - Softwares e informações sobre bioinformática.
SCOP - Classificação estrutural de proteínas (Structural Classification of Proteins).
Searching Swiss-Prot - Procura de sequências protéicas no banco de dados Swiss-Prot.
Signal Peptide - Servidor para a identificação de peptídeos sinais e seus pontos de clivagem.
Softberry - Softwares aplicados à genômica.
Software for computational chemistry - Diversos links relacionados com bioinformática.
Stanford Genomic Resources - Site com diversos recursos aplicados a genômica (Stanford University).
The Institute for Genomic Resources (TIGR) - Banco de dados e servidor com diversas ferramentas de bioinformática.
Virtual Genome Center - Servidor de softwares úteis em biologia molecular
WebPhylip - Servidor para a criação de árvores filogenéticas.


Softwares para Linux
Download Tops software for LINUX - Software para o desenho de esquemas topográficos de proteínas.
Phylodendron - Construção de árvores filogenéticas.

Visualização molecular


Chime - Plugin para visualização de estruturas 3D na internet.
Rasmol - Visualização de arquivos 3D (Windows/Mac) (freeware).
Swiss PDB-Viewer - Visualização e manipulação de arquivos 3D (Windows/Mac/Linux/SGI) (Freeware).
VMD - Visual Molecular Dynamics (Windows/Mac/Unix/Linux) (Freeware)
WebLabViewer - Visualização (ótima qualidade) e manipulação de arquivos 3D (Freeware).
 



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