Laboratório Max Feffer de Genética de Plantas

  • Increase font size
  • Default font size
  • Decrease font size
Home Bioinformática Programas

Programas para Bioinformática

A seguir estão descritos os principais programas utilizados no Laboratório e as característica de cada um.

BLAST® (Basic Local Alignment Search Tool)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

Blast é uma família de programas desenvolvidos para comparar seqüências (DNA, RNA ou proteína) com rapidez e sem perder sensibilidade. Os valores dados são baseados em interpretação estatística facilitando a escolha de identidades reais e não semelhanças que acontecem ao acaso. BLAST busca semelhanças locais e não globais, com isto é possível identificar relações entre seqüências que compartilham regiões curtas de similaridade.

blastn - comparar uma seqüência de nucleotídeos com o banco de dados de nucleotídeos.
blastp - comparar uma seqüência de proteína com o banco de dados de proteínas, tem uma opção de procurar domínios conservados na proteína (CDD search
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml ).
blastx - comparar uma seqüência de nucleotídeos, traduzida em todas as seis quadras abertas de leitura, com o banco de dados de proteínas.
tblastn - comparar uma seqüência de proteína com o banco de dados de nucleotídeos traduzindo em todas as seis quadras abertas de leitura.
tblastx - comparar uma seqüência de nucleotídeos, traduzida em todas as seis quadras abertas de leitura, com o banco de dados de nucleotídeos traduzindo em todas as seis quadras abertas de leitura.
BLAST 2 sequences - comparar duas seqüências escolhidas, uma contra a outra, utilizando qualquer uma das opções acima.

Pfam (Protein Families Database)
http://www.sanger.ac.uk/Software/Pfam/
Pfam é uma coleção de alinhamentos de seqüências múltiplas incluindo muitos domínios e famílias de proteínas comuns. Este programa é muito bom para confirmar a identidade de uma proteína utilizando os domínios da proteína ou partes estruturais, não somente a seqüência dos aminoácidos ou seja a parte mais funcional da proteína. Para cada alinhamento você pode:
-Consultar alinhamentos múltiplos,
-Ver a arquitetura dos domínios protéicos,
-Examinar a distribuição entre espécies,
-Usar links para outros bancos de dados,
-Ver estruturas protéicas conhecidas,
-Identificar domínios funcionais.

COG (Clusters of Orthologous Groups)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/.

Este programa inclui dados de 21 genomas completos de 17 linhagens filogenéticas. COG é um agrupamento de proteínas semelhantes que foram achados em pelo menos três espécies diferentes. Estas informações são importantes quando estudando genomas diferentes, principalmente em estudos de evolução, procurando alvos para novos remédios ou identificação de ORFs desconhecidos. A grande vantagem deste programa são proteínas pouco estudadas ou não tem domínios estruturais ou funcionais caracterizados, podem ser inicialmente identificadas somente no nível de homologia com outras proteínas da mesma família.

ClustalW (alinhamento de seqüências de proteínas ou DNA)
http://www.ebi.ac.uk/clustalw/

Clustal W é um programa de alinhamento de seqüências múltiplas para DNA ou proteínas, produzindo alinhamentos de seqüências divergentes com significância biológica. O programa calcula os melhores pareamentos para cada seqüência, e mostra os alinhamentos de tal forma que as identidades e diferenças ficam claras. Os relacionamentos evolucionários podem ser vistos nas cladogramas e filogramas geradas pelo próprio programa.

ORF finder (busca para quadras de leituras abertas)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html

Este programa é uma ferramenta gráfica que permite achar quadras de leituras abertas (ORFs) em seqüências de DNA utilizando o código genético padrão ou alternativo. A seqüência de aminoácidos achada pode ser salva em vários formatos e utilizada diretamente em buscas como blastp ou tblastn, sem sair do próprio programa.

Primer 3 (para escolher primers para uma seqüência conhecida)
http://www-genome.wi.mit.edu/cgi-bin/primer/primer3.cgi

Tendo uma seqüência de nucleotídeos de DNA disponível, o programa é capaz de escolher dois primers para amplificar um fragmento ou o gene inteiro utilizando PCR. O programa oferece opções para definir as características dos primers incluindo tamanho do produto, tamanho e Tm dos primers, conteúdo de C/G e a escolha de primers internos.

Phred/Phrap/Consed
http://www.phrap.org

Um pacote de três programas interligados e altamente compatíveis para análise, montagens e editoração de seqüências que rodam em ambiente UNIX.

Phred "the base-caller" tradutor de cromatograma.

Este programa tem capacidade de ler os cromatogramas de cada read do seqüenciador e atribuir bases aos picos, produzir um índice de qualidade com valores para cada base e escrever todo em um arquivo em formato certo para Phrap. Phred é capaz de ler vários formatos de arquivos de vários seqüenciadores (SCF, ABI, e ESD formatos) e extrair a seqüência e escrever em formato FASTA ou PHD. A qualidade (a confiabilidade na identificação de cada base) é utilizada na montagem das seqüências como a medida de precisão da montagem final.

Phrap "the assembler" montador de seqüências.

Recebendo os arquivos do Phred, este programa compara as seqüências procurando regiões de homologia para sobrepor os reads, montando seqüências pequenas em trechos maiores. O programa permite o uso do read inteiro mas usa as informações da qualidade da seqüência na montagem (informações do Phred). O arquivo produzido tem todas as informações sobre as montagens, qualidade das associações entre reads e confiabilidade da montagem final.

Consed - Editor de gráficos e utilidades.

Este programa converte as informações geradas pelo Phred e Phrap, em gráficos que mostram os "contigs" (seqüências montadas), os reads utilizados, a confiabilidade de cada read e dados sobre a confiabilidade de "contig" (qualidade de cada base, erros por 1000 bases e orientação e nome de cada read). Também, tem utilidades para desenhar primers para terminar regiões da seqüência de baixa confiabilidade, programas para busca de seqüências repetidas e editoração de reads dentro do contig.

 



Eventos

No Mês passado Setembro 2017 No Mês próximo
D 2a 3a 4a 5a 6a S
week 35 1 2
week 36 3 4 5 6 7 8 9
week 37 10 11 12 13 14 15 16
week 38 17 18 19 20 21 22 23
week 39 24 25 26 27 28 29 30
Share |